O atual ECCE teve origem no intercâmbio entre pesquisadores da UFSCar e do Shriver Center for Mental Retardation, em Massachusetts, EUA (atualmente vinculado à University of Massachusetts Medical School). Este intercâmbio posteriormente ampliou-se para envolver também pesquisadores de outras instituições brasileiras, como a Universidade Federal do Pará, a Universidade de Brasília e a Universidade de São Paulo. Este vínculo levou à constituição de uma equipe de pesquisa envolvendo pesquisadores dessas instituições, que foi o embrião do que veio depois a se tornar o ECCE. No início dos anos 90, quando importantes setores da comunidade científica brasileira defendiam o apoio a grupos integrados de pesquisadores, de diferentes instituições, que reunissem suas forças de modo a maximizar os resultados obtidos na investigação de temas cientificamente e socialmente relevantes, nosso grupo procurou colocar em prática esta estratégia, somando recursos e esforços e gradualmente se consolidando e ampliando.

O ECCE já estava formado e atuante (embora ainda não tivesse este nome) quando as diversas propostas de financiamento estável para grupos multi-institucionais ou “laboratórios associados” foram parcialmente realizadas pelo PRONEX (Programa de Apoio a Núcleos de Excelência – MCT/FINEP/CNPq). Pelo fato de já estar em funcionamento de acordo com esta estratégia, o ECCE pôde pleitear sua inclusão naquele programa e veio a ser o primeiro Núcleo da área de Psicologia a ser apoiado como Núcleo de Excelência (1998-2003). Em nova chamada do PRONEX, desta vez em parceria com a FAPESP, o ECCE foi novamente contemplado com apoio para o período 2004-2007.

O apoio do PRONEX permitiu ao ECCE consolidar a articulação dos esforços de pesquisa de seus membros, passando a constituir de fato uma rede multi-institucional de pesquisadores, compreendendo, no momento, um total de 21 pesquisadores doutores, e grande número de doutorandos, mestrandos e bolsistas de iniciação científica que atuam sob orientação deste grupo de pesquisadores. O grupo do ECCE atua em estreita parceria com o grupo da UMMS e recentemente deu um passo bastante significativo, conquistando um financiamento do National Institute of Health (EUA) para o programa de pesquisas de aprendizagem pré-simbólica por primatas, na Universidade Federal do Pará.