| CLASSE | ORDEM | FAMÍLIA | ESPÉCIE | NOME VULGAR | CAT. AMEAÇA | CRITÉRIOS |
| Mammalia | Artiodactyla | Cervidae | Blastocerus dichotomus | cervo-do-pantanal | A-CP | Destruição de habitat, caça, área de distribuição restrita, populações pequenas, em declínio e isoladas, distribuição marginal no Estado e presença na Lista Oficial do IBAMA |
| Mammalia | Artiodactyla | Cervidae | Mazama nana | veado-de-mão-curta | PA | |
| Mammalia | Artiodactyla | Cervidae | Ozotocerus bezoarticus | veado-campeiro | A-CP | Destruição de habitat, caça, área de distribuição restrita, populações pequenas, em declínio e isoladas, distribuição marginal no Estado e presença na Lista Oficial do IBAMA |
| Mammalia | Artiodactyla | Tayassuidae | Pecari tajacu | cateto | A-VU | Destruição de habitat, caça, perseguição e populações em declínio e isoladas |
| Mammalia | Artiodactyla | Tayassuidae | Tayassu pecari | queixada | A-EP | Destruição de habitat, caça, perseguição e populações em declínio e isoladas |
| Mammalia | Carnivora | Canidae | Chrysocyon brachyurus | lobo-guará | A-VU | Destruição de habitat, populações pequenas presença na lista oficila do IBAMA |
| Mammalia | Carnivora | Canidae | Pseudalopex vetulus | raposinha-do-campo | A-EP | Destruição de habitat, perseguição, populações pequenas e presença na Lista Oficial do IBAMA |
| Mammalia | Carnivora | Canidae | Speothos venaticus | cachorro-do-mato-vinagre | A-CP | Área de distribuição restrita, populações pequenas e isoladas |
| Mammalia | Carnivora | Felidae | Herpailurus yaguarondi | gato-mourisco | PA | |
| Mammalia | Carnivora | Felidae | Leopardus pardalis | jaguatirica | A-VU | Destruição de habitat, caça, perseguição, populações pequenas e presença na Lista Oficial do IBAMA |
| Mammalia | Carnivora | Felidae | Leopardus tigrinus | gato-do-mato-pequeno | A-VU | Destruição de habitat, caça, perseguição, populações pequenas e presença na Lista Oficial do IBAMA |
| Mammalia | Carnivora | Felidae | Leopardus wiedii | gato-maracajá | A-EP | Destruição de habitat, caça, perseguição, populações pequenas e presença na Lista Oficial do IBAMA |
| Mammalia | Carnivora | Felidae | Oncifelis colocolo | gato-palheiro | A-CP | Destruição de habitat, distribuição restrita, populações pequenas e em declínio e presença na Lista Oficial do IBAMA |
| Mammalia | Carnivora | Felidae | Panthera onca | onça-pintada | A-CP | Destruição de habitat, caça, perseguição, populações pequenas, em declínio e isoladas e presença na Lista Oficial do IBAMA |
| Mammalia | Carnivora | Felidae | Puma concolor | onça parda ou sussuarana | A-VU | Destruição de habitat, caça, perseguição e populações pequenas |
| Mammalia | Carnivora | Mustelidae | Conepatus semistriatus | cangambá | PA | |
| Mammalia | Carnivora | Mustelidae | Lutra longicaudis | lontra | A-VU | Destruição de habitat, caça, perseguição, populações pequenas e presença na Lista Oficial do IBAMA |
| Mammalia | Carnivora | Mustelidae | Pteronura brasiliensis | ariranha | A-CP | Destruição de habitat, caça, área de distribuição restrita, populações pequenas, em declínio e isoladas e presença na Lista Oficial do IBAMA |
| Mammalia | Carnivora | Procyonidae | Procyon cancrivorous | mão-pelada | NA | |
| Mammalia | Cetacea | Balaenidae | Eubalaena australis | baleia franca | A-CP | Perseguição e presença na Lista Oficial do IBAMA |
| Mammalia | Cetacea | Balaenopteridae | Megaptera novaeangliae | jubarte | A-VU | Presença na Lista Oficial do IBAMA |
| Mammalia | Cetacea | Delphinidae | Sotalia fluviatilis | boto | PA | |
| Mammalia | Cetacea | Delphinidae | Stenella longirostris | golfinho-rotador | PA | |
| Mammalia | Cetacea | Delphinidae | Orcinus orca | orca | PA | |
| Mammalia | Cetacea | Platanistidae | Pontoporia blainvillei | boto-toninha | A-VU | |
| Mammalia | Chiroptera | Furipteridae | Furipterus horrens | morcego | PA | |
| Mammalia | Chiroptera | Molossidae | Nyctinomops aurispinosus | morcego | PA | |
| Mammalia | Chiroptera | Molossidae | Promops nasutus | morcego | PA | |
| Mammalia | Chiroptera | Natalidae | Natalus straminaeus | morcego | PA | |
| Mammalia | Chiroptera | Phyllostomidae | Chiroderma doriae | morcego | A-VU | Populações pequenas e em declínio e presença na Lista Oficial do IBAMA |
| Mammalia | Chiroptera | Phyllostomidae | Chiroderma villosum | morcego | PA | |
| Mammalia | Chiroptera | Phyllostomidae | Macrophyllum macrophyllum | morcego | PA | |
| Mammalia | Chiroptera | Phyllostomidae | Micronycteris brachyotis | morcego | PA | |
| Mammalia | Chiroptera | Phyllostomidae | Phylloderma stenops | morcego | PA | |
| Mammalia | Chiroptera | Phyllostomidae | Platyrrhinus recifinus | morcego | A-VU | |
| Mammalia | Chiroptera | Thyropteridae | Thyroptera tricolor | morcego-da-bananeira | A-VU | Área de distribuição restrita e populações isoladas |
| Mammalia | Chiroptera | Vespertilionidae | Lasiurus ebenus | morcego | A-VU | Área de distribuição restrita, populações pequenas e isoladas |
| Mammalia | Chiroptera | Vespertilionidae | Myotis ruber | morcego | A-VU | |
| Mammalia | Didelphidia | Didelphidae | Caluromys lanatus | cuíca-lanosa | PA | |
| Mammalia | Didelphidia | Didelphidae | Chironectes minimus | cuíca-d´água | A-VU | Destruição de habitat e populações pequenas e em declínio |
| Mammalia | Didelphidia | Didelphidae | Gracilinanus microtarsus | PA | ||
| Mammalia | Didelphidia | Didelphidae | Marmosops incanus | cuíca | PA | |
| Mammalia | Didelphidia | Didelphidae | Monodelphis iheringi | catita | PA | |
| Mammalia | Didelphidia | Didelphidae | Monodelphis rubida | PA | ||
| Mammalia | Didelphidia | Didelphidae | Monodelphis scalops | PA | ||
| Mammalia | Didelphidia | Didelphidae | Monodelphis sorex | catita | PA | |
| Mammalia | Didelphidia | Didelphidae | Monodelphis unistriata | PA | ||
| Mammalia | Didelphidia | Didelphidae | Thylamis velutinus | PA | ||
| Mammalia | Perissodactyla | Tapiridae | Tapirus terrestris | anta | A-EP | Destruição de habitat, caça e populações pequenas, em declínio e isoladas |
| Mammalia | Primates | Callitrichidae | Callithrix aurita | sagui-da-serra-escuro | A-EP | Destruição de habitat, populações em declínio e isoladas e presença na Lista Oficial do IBAMA |
| Mammalia | Primates | Callitrichidae | Callithrix penicillata | mico-estrela | A-VU | Destruição de habitat, populações em declínio e isoladas e distribuição marginal no Estado |
| Mammalia | Primates | Callitrichidae | Leontopithecus caissara | mico-leão-de-cara-preta | A-CP | Destruição de habitat, área de distribuição restrita, populações pequenas, em declínio e isoladas e presença na Lista Oficial do IBAMA |
| Mammalia | Primates | Callitrichidae | Leontopithecus chrysopygus | mico-leão-preto | A-CP | Destruição de habitat, área de distribuição restrita, populações pequenas, em declínio e isoladas e presença na Lista Oficial do IBAMA |
| Mammalia | Primates | Cebidae | Allouatta caraya | bugio | A-EP | Destruição de habitat, populações isoladas e distribição marginal no Estado |
| Mammalia | Primates | Cebidae | Alouatta fusca | bugio | A-VU | Destruição de habitat, caça e presença na Lista Oficial do IBAMA |
| Mammalia | Primates | Cebidae | Brachyteles arachnoides | mono-carvoeiro | A-CP | Destruição de habitat, caça, populações isoladas e presença na Lista Oficial do IBAMA |
| Mammalia | Primates | Cebidae | Callicebus personatus | sauá | A-VU | Destruição de habitta, populações em declínio e isoladas e presença na Lista Oficial do IBAMA |
| Mammalia | Rodentia | Agoutidae | Agouti paca | paca | A-VU | Destruição de habitat, caça, populações pequenas e em declínio |
| Mammalia | Rodentia | Cricetidae | Akodon sanctipaulensis | rato | PA | |
| Mammalia | Rodentia | Cricetidae | Pseudoryzomys simplex | PA | ||
| Mammalia | Rodentia | Dasyproctidae | Dasyprocta azarae | cutia | A-VU | Destruição de habitat, caça e populações isoladas e em declínio |
| Mammalia | Rodentia | Echimyidae | Clyomys bishopi | rato-de-espinhos | A-VU | Destruição de habitat e populações pequenas e isoladas |
| Mammalia | Rodentia | Echimyidae | Nelomys thomasi | ururuá | A-EP | Área de distribuição restrita e populações pequenas |
| Mammalia | Xenarthra | Dasypodidae | Cabassous unicinctus | tatú-de-rabo-mole | A-VU | Destruição de habitat e caça |
| Mammalia | Xenarthra | Dasypodidae | Priodontes maximus | tatú-canastra | A-PE | Destruição de habitat e caça |
| Mammalia | Xenarthra | Myrmecophagidae | Myrmecophaga tridactyla | tamanduá-bandeira | A-EP | Destruição de habitat, caça, área de distribuição restrita, populações pequenas, em declínio e isoladas e presença na Lista Oficial do IBAMA |
| Mammalia | Xenarthra | Myrmecophagidae | Tamandua tetradactyla | tamanduá-mirim | PA |