As macrófitas aquáticas podem atuar como bioindicadoras. Indicando tanto o estágio sucessional quanto o estágio trófico do ecossistema aquático.
Por exemplo, a presença de Taboa ou Junco em um ambiente é indicativa de que o solo naquele local é muito úmido, sendo o ambiente brejoso ou pantanoso (estágio sucessional do ambiente aquático).
A presença de Aguapé, Alface-d'água e Orelha-de-rato, são indicadoras de ambientes poluídos (estado trófico do ambiente aquático), pois estas espécies costumam se desenvolver melhor em ambientes eutrofizados (isto é, enrriquecidos por nutrientes), com altas concentrações de matéria orgânica.
A presença de Lírio-d'água, elódea e algumas espécies de Nymphoides, são indicadoras de ambientes menos poluídos.